Klinik açıdan önemli bakteriyel ve fungal patojenlerin DNA’sının tayinine yönelik nano-polimeraz zincir reaksiyonu (Nano-PCR) temelli tayin yöntemlerinin geliştirilmesi

Tez Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya, Türkiye

Tez Danışmanı: Serap Evran

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: Türkçe

Desteklendiği Program: Diğer

Özet:

Enfeksiyonel hastalıklarda doğru tedavilerin zamanında uygulanabilmesi için hastalığa neden olan patojen mikroorganizmaların erken ve doğru bir şekilde tanımlanması oldukça kritiktir. Genotipik özelliklerden faydalanılarak mikroorganizmaları tür düzeyinde hassas, doğru ve hızlı bir şekilde tanımlamaya olanak sağlayan PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) tekniği modern tıp laboratuvarlarının ve klinik mikrobiyolojinin vazgeçilmez bir aracı haline gelmiştir.

PCR tekniğinde kalıp DNA’ya erişimin sınırlı, kalıbın yüksek guanin-sitozin oranına sahip olması, reaksiyon içerisinde sekonder yapılaşma gibi yöntemin verimini ve spesifikliğini etkileyen birtakım zorluklar vardır. Bu zorlukları aşmak için PCR programında modifikasyonlar uygulanmış, bileşenlerine ekler yapılmış fakat bu sorunlara evrensel uygulamaya sahip bir çözüm üretilememiştir. Son yıllarda güçlü adsorban ve termal iletkenlik gibi özelliklere sahip nanomalzemeler ile PCR’ın performansını düşüren bu sorunların aşılabileceği yönünde iddialar öne sürülmüştür.

Bu tez çalışmasında, klinik açıdan öneme sahip patojenlerin tespiti için geleneksel mikrobiyal tayin yöntemlerine kıyasla daha spesifik, hassas, hızlı ve bunun yanında çoklu analize imkan tanıyan bir PCR yöntemi geliştirildi. Patojenlerin genomlarında korunmuş bölgelerin amplifikasyonu ile birbiri yanında analizi hedeflenirken, nanomalzemelerin çoklu amplifikasyonun gerçekleştiği ortamda reaksiyon verimi üzerine etkisi araştırıldı.