Akademik Veri Yönetim Sistemi
5.Avrasya Uluslararası Uygulamalı Bilimler Kongresi, Adana, Türkiye, 15 - 17 Kasım 2019, ss.459
Anaerobik gut fungusları (AGF) ruminant herbivorlarda sindirim sisteminin en gelişmiş bölmesi olan retikulo-rumen kısmında, tek midelilerde ise kalın bağırsağın sindirim açısından en fazla evrilmiş bölümü olan sekumda yaşam alanı bulmaktadırlar. Orpin tarafından 1975 yılında ilk geçerli tanımlanmalarından buyana farklı hayvan ve coğrafik sistemlerden 18 cins ve bunların altında 25 den fazla tür rapor edilmiştir. Herbivorların sindirim sistemlerinin en önemli mikrobiyal gruplarından birini oluşturan AGF morfolojik yapılarına göre filamentli funguslar ve küresel thallusa sahip (Bulbous body) funguslar olarak iki temel gelişim gösterirler. Nükleik materyalin fungusun hangi bölgelerinde bulunmasına bağlı olarak polisentrik (çok merkezli) ve monosentrik (tek merkezli) üreme yapılarına sahip olan bu mikroorganizmalar üretmiş oldukları zoosporların tek kamçılı mı (≤4) yoksa çok kamçılı mı (kamçı sayısı >4) olduklarına göre de taksonomik olarak kendi içlerinde ayrışırlar. Bu tip morfolojik verilerin yanı sıra DNA analizi temelli moleküler yöntemler filogenetik ağaçlar ve daha robüst bir taksonomik yapı oluşturulması amacıyla son yıllarda yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışma kapsamında doğal ortamından AGF izolasyonu, morfolojik tanımlaması ve moleküler karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu doğrultuda toplanan inek dışkısı Most probable number (MPN) temelli 10 kat seyreltmelerle Karbon kaynağı olarak buğday samanı içeren anaerobik besi ortamında 370C’de inkübasyona tabi tutulmuştur. Işık mikroskobu altında gelişim gösterdiği tespit edilen tüplerden AGF izolatları Roll tüp metodu kullanılarak saflaştırılmıştır. Hungate tarafından geliştirilen indirgenmiş ve antibakterial antibiyotik karışımı içeren anaerobik besi yeri kullanılarak kültüre alınmış olan saf izolat ilk aşama olarak morfolojik tanımlamaya tabi tutulmuştur. Filamentli thallus yapısı, polisentrik üreme karakteristiği ve zoosporlarının çok kamçılı olmaları gibi temel özellikleri dikkate alınarak Orpinomyces sp olarak tanımlanan izolat GMLF13 olarak adlandırılmış ve laboratuarımız kültür koleksiyonuna dahil edilmiştir. Orpinomyces sp GMLF13’ün genomik DNA sı phenol/choloroform yöntemiyle ekstrakte edilmiş ve universal primerler kullanılarak Internal Transcribed Spacer (ITS) bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yardımıyla amplifiye edilmiştir. P. 652 Bu bölgenin gen dizi analizi çıkarılmış ve MEGA 7 programı kullanılarak GENBANKta rapor edilmiş olan AGF gen dizileriyle karşılaştırılarak izolatın Orpinomyces sp. olduğu moleküler olarak teyit edilmiştir. Son aşamada ise çalışma kapsamında izole edilip saflaştırılmış olan GMLF13 GENBANKta yer alan diğer Orpinomyces gen dizileri ile karşılaştırmalı olarak analiz edilerek aralarındaki polimorfizm ve benzerlik oranları belirlenmiştir.
Anahtar kelimeler: Anaerobik gut fungus, filogenetik, Orpinomyces, rumen