Artvin Erzincan Erzurum Iğdır illerinde bazı meyve ve sebzelerde yumuşak çürüklüğe sebep olan bakterilerin izolasyonu klasik ve moleküler yöntemler ile karakterizasyonu
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: FATİH DADAŞOĞLU
Danışman: Recep Kotan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada; Artvin, Erzincan, Erzurum ve Iğdır il ve ilçelerinde bazı meyve ve sebzelerde yumuşak çürüklük oluşturan bakteriyel etmenlerin izolasyonu, klasik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanılanması amaçlanmıştır. Bu amaçla yumuşak çürüklük belirtisi gösteren meyve ve sebzelerin gövde, yaprak, meyve ve yumrularından izolasyonlar yapılmış ve elde edilen bakteriler saflaştırılarak kültüre alınmıştır. Kültüre alınan izolatlardan aşırı duyarlılık testi (HR), patojenite testi ve pektolitik aktivite testi pozitif olanlar klasik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanılanmıştır. Araştırma sonucunda elde edilen toplam 882 bakteri izolatının 868 tanesi mikrobiyal tanı sistemi (MIS) kullanılarak tanılanırken 14 tanesi tanılananamamıştır. Bu izolatlar arasında MIS tanı sonucuna göre; 18 Bacillus pumilus, 17 Enterobacter cloacae, 15 Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 8 Chryseobacterium indologenes, 7 Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum, 9 Pseudomonas viridiflava ve 5 Dickeya chrysanthemi olmak üzere toplam 79 yumuşak çürüklük etmeni olduğu belirlenmiştir. Patojen olduğu belirlenen bu izolatlar ayrıca BIOLOG sistemi kullanılarak da tanılanmıştır. MIS ve BIOLOG testleri sonucunda bütün izolatlar arasında tam bir uyum olmamakla birlikte, 40 izolat arasında cins ve/veya tür seviyesinde benzerlik tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testlerinden 16S rDNA testleri sonucunda izolatların cins düzeyinde tanısı yapılmıştır. Rep, ERIC ve BOX testleri sonucunda izolatların genomik parmak izi belirlenerek izolatlar arasındaki filogenetik ilişki belirlenmiştir. MIS tanı sonucuna göre Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum olarak tanılanan 15 izolat, Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum olarak tanılanan 7 izolat ve Dickeya chrysanthemi olarak tanılanan 5 izolat sırası ile Y1-Y2, ECA1f-ECA2r ve ADE1-ADE2 primerleri kullanılarak spesifik PCR testlerine tabi tutulmuştur. Spesifik PCR testleri sonucunda; Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum izolatlarının 4?ünün 434 bp uzunluğunda bant verdiği, Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum izolatlarının bant vermediği ve Dickeya chrysanthemi izolatlarının ise 50-150 bp arasında tek bant verdiği görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Yumuşak çürüklük, Pektolitik bakteriler, MIS, PCR