Türkiye yerli sığır ırklarında mitokondriyal DNA polimorfik yapılarının PCR-RFLP ve DNA dizi analizi yöntemleri ile incelenmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Zootekni Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2006

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Memiş Özdemir

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Ünsal DOĞRU

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmanın amacı, Türkiye yerli sığır ırklarının mtDNA polimorfik yapılarını PCR-RFLP veDNA dizi analizi yöntemleriyle inceleyerek ırka özgün polimorfik bölgeleri tespit etmek,genetik varyasyonu belirlemek, yerli ırklarla mevcut diğer ırkları karşılaştırmak ve yerli ırklaraait mtDNA veri tabanı oluşturmaktır. Çalışmada, Bozırk, Doğu Anadolu Kırmızısı, GüneyAnadolu Kırmızısı ve Yerli Kara yerli sığır ırkları mtDNA'larının, yüksek değişim hızına sahiptüm D-loop bölgesi ile korunmuş ND5 bölgesinin 1100 bç'lik kısmı PCR-RFLP, yine tüm Dloopbölgesi DNA dizi analizi yöntemiyle incelemeye alınmıştır.910 bazlık D-loop bölgesinde toplam 17 tanıma bölgesine sahip %8'lik kısmı tarayabilenRE'lerden, AluI, HaeIII, HpaII, AvaII, DraI, ApaI enzimleri polimorfik yapı sergilemiş vepopulasyon genelinde 19 haplotip tespit edilmiştir. İncelenen ND5 bölgesinde toplam 25 tanımabölgesine sahip % 10'luk kısmı tarayabilen RE'lerden, AluI, HaeIII, BglII ve SspI enzimleripolimorfik yapı sergilemiş ve populasyon genelinde 6 haplotip elde edilmiştir. D-loop ve ND5bölgesine uygulanan kümeleme analiz sonuçları benzerlik göstermiştir.İncelenen tüm D-loop dizilimi üzerinde 26 farklı bölgede toplam 68 nükleotid faklılığıgözlenirken, bu görülen farklılıkların 47'sini transisyon, 5'ini transversiyon ve 16'sınıinsersiyon oluşturmuş, delesyon'a ise rastlanılmamıştır. Genetik yapı değerleri; haplotip sayısı17, haplotip çeşitliliği 0,993, nükleotid çeşitliliği 0,00478 ve eşleştirilmiş faklılıklar ortalaması4,275 olarak elde edilmiştir. Ayrıca NCBI'de mevcut tüm D-loop ile 240 bç kısmi diziliminesahip ırkların analize dahil edilmesi ile çeşitli ırklara ait filogenetik yapı ortaya konmuştur.Sonuç olarak, bu çalışmada kullanılan ırklarda populasyon içi ve populasyonlar arası genetikçeşitliliğin yüksek olduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: Yerli Sığır, Gen Kaynakları, Mitokondriyal DNA, Genetik Çeşitlilik,Kümeleme Analizi, PCR-RFLP, DNA Dizi Analizi.