“Dormant Patates Yumrularından PVX, PLRV, PVS ve PVY Virüslerinin Belirlenmesinde Multiplex RT-PCR Tekniğinin Kullanılabilirliğinin Araştırılması”

Pınar Kübra  Peker

“Dormant Patates Yumrularından PVX, PLRV, PVS ve PVY Virüslerinin Belirlenmesinde Multiplex RT-PCR Tekniğinin Kullanılabilirliğinin Araştırılması”

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2007

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Pınar Kübra Peker

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Hidayet BOSTAN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

PLRV, PVS, PVX ve PVY virüslerinin hepsi ile enfekteli olduğu belirlenen Agria, Granola ve Morfano çeşitlerine ait dormant yumrulardan elde edilen total RNA'lar (2.50 ?l total RNA +7.5 ?l RT karışım ve 2 ?l cDNA +23 ?l PCR mix) uniplex RT-PCR ile test edildiğinde her üç çeşitten de bütün virüsler için fotoğraflanabilecek yoğunlukta bantlar elde edilmiştir. Multiplex RT-PCR çalışmasında cDNA total RNA'nın 2.5, 3.5 ve 5 ?l'lik miktarları kullanılarak sentezlendiğinde en iyi sonuç 5 ?l total RNA uygulamasından; PCR aşamasında ise cDNA ve PCR karışımın farklı miktarları (2 ?l cDNA +23 ?l PCR karışım, 5 ?l cDNA +25 ?l PCR karışım ile 5 ?l cDNA 20 ?l PCR karışım) mukayese edildiğinde en iyi sonuç 5 ?l cDNA +25 ?l PCR karışımdan elde edilmiştir. Bununla birlikte PVX, PLRV ve PVS için UV de görüntülenebilecek yoğunluktaki bantlar ancak PCR ürünlerinin 25 ?l olarak jele yüklenmesinden elde edilirken hiçbir uygulamadan PVY'ne spesifik bant elde edilememiştir. Sonuç olarak; multiplex RT-PCR dormant yumrulardan PVX, PVS, PLRV ve PVY'nün belirlenmesi amacıyla kullanılacaksa cDNA aşamasında 0.4 ng/?l oligo dT pirimer, 20 ?g/?l spesifik pirimer (PLRV için) ve 5 ?l total RNA kullanılarak sentezlenmesinin, PCR aşamasında ise cDNA'nın en az 3.5 ?l kullanılması, PCR ürününün jele 25 ?l yüklenilmesi, jelin %1.5'lik hazırlanıp mümkün olduğu kadar ince dökülmesinin UV'de daha iyi bir görüntü elde edilmesi açısından gerekli olduğu saptanmıştır. Bunlara ilaveten PVY'nin mümkünse aynı cDNA kullanılarak ayrı olarak PCR'a tabi tutulması önerilmektedir. Anahtar Kelimeler: VİRÜS, PCR, m-RT-PCR, PATATES, SERTİFİKASYON.