Farklı pasaj numaralarındaki hücre hatlarında farklılaşmanın yüzey zenginleştirilmiş Raman spektroskopisi(SERS) yaklaşımı ile araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: NAZLI ÖNCER
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Aslı Yılmaz
Eş Danışman: Mehmet YILMAZ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu tez çalışmasında etiketsiz altın nanoçubuk dizin (gold nanorod array, GNA) SERS platformunu üreterek farklı pasaj numaralarına sahip sağlıklı (MRC 5 ve MCF 10A) ve kanserli (A549 ve MCF 7) olmak üzere 12 farklı hücre hattının bu platform ile birleştirilmesi hedeflenmiştir. Ayrıca platformdan alınan SERS sinyalleri doğrultusunda farklı pasaj numaralarına sahip hücre hatlarının birbirinden ayrılması ve farklılaşan hücre hatlarındaki bant değişimlerinin hücresel yaşlanma ile ilişkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: GNA SERS substratı, fiziksel buhar birikimi (physical vapor deposition, PVD) yöntemi ile eğik açı birikimi (oblique angle deposition, OAD) tekniği kullanılarak üretilmiştir. 12 hücre hattının (4 hücre hattının her birinden üç pasaj olmak üzere) her biri uygun besiyeri ortamında kültürlenerek çoğaltılmıştır. Hücrelerden alınan SERS sinyalleri önce ön işleme aşamalarından geçirilmiş daha sonra gözetimsiz (PCA, HCA) ve gözetimli (LDA, SIMCA, SVM) istatistiksel analizlere tabi tutulmuştur. Ayrıca elde edilen verilerin, hücresel yaşlanma ile bağlantılı biyomoleküler değişimi niceliksel olarak belirlemek ve anlamlılığını tespit etmek amacıyla one-way ANOVA testi yapılmıştır. Bulgular: Anizotropik yapıya sahip GNA SERS substratı başarıyla sentezlenmiştir. GNA yüzeyi ile bir araya gelen hücrelerden alınan sinyallerin istatistiksel analizlere tabi tutulmasından sonra hücrelerin birbirinden ayrıldığı doğruluk değerleri ile gösterilmiştir. Ayrılan hücrelere ait bantlar yorumlanmış ve elde edilen biyomoleküler değişikliklerin hücresel yaşlanma ile ilişkili olabileceği değerlendirilmiştir. Sonuç: Farklı pasaj numaralarına sahip hücre hatlarının ayrımı, yapılan beş farklı analiz ile gösterilmiştir. Ayrılan hücrelere ait bant değerleri yorumlanmış ve bu bantlardaki biyokimyasal değişikliklerin, hücresel yaşlanmayla ilişkili olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: pasaj numarası, replikatif hücre yaşlanması, altın nanoçubuk dizinler, yüzey-zenginleştirilmiş Raman spektroskopisi (SERS), kemometrik analizler