Erzurum piyasasından toplanan kıyma örneklerindeki bazı patojenik bakterilerin Real Time PCR yöntemi ile tespiti
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BÜŞRA TURANOĞLU
Danışman: Ahmet Adıgüzel
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Et; protein bakımından oldukça zengin olması ve bünyesinde bulundurduğu yeterli su aktivitesi gibi özellikleri sayesinde gıda kaynaklı patojenlerin üremeleri için gerekli olan ortamı sağlamaktadır. Bu tez çalışmasında, Erzurum ili merkez ilçelerinde bulunan farklı kasap ve marketlerden temin edilen 100 adet kıyma örneğinde Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7 ve Salmonella spp. patojen bakterilerinin, Real-Time PCR ile ön zenginleştirme ve DNA izolasyonu yapılmadan hızlı, güvenilir ve kolay bir şekilde tespiti amaçlanmıştır. Yöntem: Erzuruma bağlı ilçelerdeki kasap ve marketlerden temin edilen 100 adet kıyma örneği aseptik koşullar altında laboratuvara getirilmiştir. Daha sonra getirilen bu örneklerde DNA izolasyonu yapılmadan Real-Time PCR yöntemi kullanılarak, aynı örnekte hem Listeria monocytogenes hem de Escherichia coli O157:H7 ve Salmonella spp. patojenlerinin varlığı ve miktarı belirlenmiştir. Bulgular: Standart patojen bakterilerin Ct değerlerine ait lineer-regresyon grafikleri çizilmiştir. Real-Time PCR analizi sonucu elde edilen kıyma örneklerinin Ct değerleri, standart grafiklerin doğru denklemlerinde yerine konularak, örneklerdeki patojen bakteri miktarları belirlenmiştir. Toplanan 100 adet kıyma örneğinin %45'inde Listeria monocytogenes, %30'unda Escherichia coli O157:H7 ve %29'unda Salmonella spp. patojenlerinin olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Patojen bakterileri tespit etmek için kullanılan Real-Time PCR metodunun, geleneksel yöntemlere göre daha spesifik, hızlı ve güvenilir olduğu saptanmıştır. Ayrıca, ön zenginleştirme ve DNA izolasyonu yapılmadan da daha az maliyet, daha kısa zaman ve en aza indirilmiş iş yükü ile gıdalar üzerinde gelişen patojen bakterilerin hassas bir şekilde tespit edilebileceği gözlemlenmiştir. Anahtar Kelimeler: kıyma, Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Real-Time PCR