YÜZEY ZENGİNLEŞTİRİLMİŞ RAMAN SPEKROSKOPİSİ (SERS) YAKLAŞIMI İLE ALT SUŞ BAKTERİ TANISI
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: FEYZANUR CAN GÜLMÜŞ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Aslı Yılmaz
Eş Danışman: Mehmet Yılmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu tez çalışmasında SERS platformu olarak GNA (gold nanorod array) üretilmesi ve farklı üç bakteri türünün (S. aureus, P.auroginosa, E.coli ) 9 alt suşun tanısında veriminin belirlenmesi amaçlanmıştır. Alt şuş ayrımı gerçekleştikten sonra yapılan analizler ile toplanan sinyallere karşılık gelen bantların bakteri suşlarının tanısına olan etkisi arasında bağlantı kurulması hedeflenmiştir. Yöntem: SERS platformu olarak kullanılan GNA PVD tekniği kullanılarak üretilmiştir. Toplam 9 bakteri alt suşu uygun besiyeri ortamında kültürlenerek çoğaltılmıştır. Çoğaltılıp saf koloni elde edilen bakteri suşlarından alınan SERS sinyalleri ilk olarak ön işleme aşamalarından geçirilmiştir. Ön işlemden geçen geçen bakteri suşlarına ait sinyaller gözetimsiz (PCA, HCA) ve gözetimli (LDA, SVM ve SIMCA) analizlere tabi tutulmuştur. Bu analizlerin amacı tanıda hassasiyet ve doğruluk açısından yüksek verimlilik elde etmektir. Bütün bu analizlere ek olarak bakteri suşlarının ayrımıyla ilişkili olan biyomolekülleri tespit edip, daha anlamlı bir boyut kazandırmak için one-way ANOVA analizi yapılmıştır. Bulgular: GNA SERS substratı başarıyla sentezlenmiştir. Sentezlenen substrat ile bakteriler bir araya getirilmiştir. Bakterilerden alınan sinyaller sonucunda çalışılan S. aureus, P. auroginosa başarılı bir şekilde ayrılırken E. coli için aynı durumdan söz edilmemektedir. Bu bakteri diğer iki bakteri kadar yüksek doğrulukla ayrılmadığı sonucuna varılmıştır ve böylece, bu bakterilere ait bantlar yorumlanarak elde edilen biyomoleküller içerik bakteri ayrımıyla ilişkilendirilmiştir. Sonuçlar: Bakterilerin ayrımlarına ilişkin beş farklı analiz yapılmıştır. Bant değerleri yorumlanmıştır ve bu bantların biyomolekül karşılığı bakteri suşlarının ayrımıyla ilişkilendirilmiştir.