Plati balığı (Xiphophorus maculatus)' nda katalaz enzim geninin biyoenformatiği ve doku spesifik dağılımı
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ESRA CAN ÇAPAN
Danışman: Mehtap Bayır
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, plati balığı (Xiphophorus maculatus)'nda katalaz (cat) geninin biyoenformatiği (diğer omurgalılar tarafından kodlanan amino asit dizilerinin gen tanımlamasını ve yapısı, filogenetik ilişkilerin ve korunmuş gen sentezi) çalışıldı ve doku spesifik dağılımı belirlendi. Dişi ve erkek plati balıklarından karaciğer, bağırsak, kas, beyin, kalp, göz, yüzme kesesi, solungaç, böbrek, deri, yumurtalık ve testis örnekleri alındı ve bu dokulardan cDNA elde etmek için önce her bir dokudan toplam RNA izole edildi. Sonunda tüm doku örneklerindeki qPCR ile cat geni transkriptleri belirlendi. Gen transkript miktarlarının hesaplanması, her bir balığın cat gen transkriptlerinin kopya sayılarının, referans genlerin (elangasyon faktör 1 alpha (ef1α) ve ß-actin (actb)) kopya sayısına bölünmesi ile yapıldı. Cat enziminin transkript miktarları RT-qPCR ile belirlendi. Plati balığında cat geninin transkript seviyesi bağırsak (1270.94), kalp (1241.25), kas (419.157), beyin (46.205), göz (47.57), yüzme kesesi (28.99), solungaç (81.18), dalak (95.45), böbrek (20.25), yumurtalık (91.16) ve testis (113.22) ile karşılaştırıldığında karaciğerde (2162.21) önemli derecede yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bununla beraber, bağırsak ve kalp dokularıdaki cat gen transkripsiyon miktarının, kas, beyin, göz, yüzme kesesi, solungaç, dalak, böbrek, yumurtalık ve testis dokularındaki cat gen transkripsiyonlarından yüksek olduğu görülmüştür. Erkek ve dişi plati balığı dokuları arasındaki katalaz geninin transkript seviyelerinde bir farkın olmadığı tespit edilmiştir. Daha önce yapılan birçok çalışmada da farklı dokulardaki birçok gen transkriptinin kopya sayısının benzer olduğu bildirilmekle beraber katalaz enzim geninin biyoenformatik çalışmaları, önemli bir model organizma olan plati balığında henüz yapılmamıştır. Bu sebeple, yapılan bu çalışmada öncelikle plati balığında katalaz geninin biyoenformatik çalışmaları gerçekleştirildi. Daha sonra farklı dokulardaki cat enziminin transkripsiyon seviyelerini belirlemek için laboratuvar çalışmaları yapıldı. Böylece biyoenformatik çalışmalarımızın sonuçları doğrulanarak, sonraki çalışmalar için hangi dokunun çalışılmasının yeterli olacağı konusunda öncü veriler elde edildi.