ERZURUM ÇEVRESİNDEN TOPLANAN PEYNİR ÖRNEKLERİNDEN İZOLE EDİLEN LAKTİK ASİT BAKTERİLERİNİN BİYOJEN AMİN DEGREDE ETME ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ELİFNUR MERAL
Danışman: Ahmet Adıgüzel
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Tez çalışmasında, laktik asit bakteri (LAB) mikroflorası bakımından oldukça zengin içerikli bir kaynak olan peynir örneklerinden, LAB'nin izolasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen izolatların fenotipik özellikleri ortaya konuldu. Fenotipik olarak karakterize edilen bakteri izolatlarının; biyojen aminleri (BA) degrede edebilme potansiyelleri, gen seviyesinde biyokimyasal açıdan ve LC-MS analizi ile kantitatif olarak araştırıldı. Yöntem: Tez çalışmasında, Erzurum ili ve ilçelerinden toplananan peynir örneklerinden bakteri izolasyonu gerçekleştirildi ve elde edilen izolatların LAB olup olmadığını belirlemek amacıyla, çeşitli fenotipik testler uygulandı. Potansiyel LAB olduğu tahmin edilen izolatların BA'ları degrede edebilme potansiyellerini araştırmak amacıyla, çeşitli genomik ve biyokimyasal metodlara başvuruldu. Bu amaçla öncelikle BA'ların oluşumunu sağlayan dekarboksilaz enzimine ait profili belirlemek amacıyla API 20E Sistem kullanılarak, biyokimyasal analiz yapıldı. API 20E Sisteme göre dekarboksilaz enzimi açısından negatif profile sahip olan izolatlar seçildi. Sonrasında belirlenen bu izolatların, BA'ları degrede etme özelliğine sahip olan multikopper oksidaz (MCO) enzimi açısından profilleri, hem genomik olarak hem de LC-MS analizi ile kantitatif olarak belirlendi. İlgili tüm enzim profilleri açısından istenilen tabloya sahip olan izolat, son aşamada moleküler olarak tür bazında tanılandı. Bulgular: Tez çalışması kapsamında; fenotipik karakterizasyon işlemleri sonucunda 12 adet izolatın LAB olabileceği kanısına varıldı. Öncelikle 12 adet izolatın, API 20E Sistem aracılığıyla dekarboksilaz enzim aktivitesi biyokimyasal olarak belirlendi. Analiz sonucunda; yalnızca 4 adet izolatın dekarboksilaz negatif özellik taşıdığı görüldü. 4 adet izolatın daha sonra MCO enzim aktiviteleri, bu enzime ait spesifik primerler aracılığıyla gen seviyesinde araştırıldı. 4 adet izolat içerisinden yalnızca EM4 kodlu izolatın bu enzime ait gene sahip olduğu belirlendi. Tüm analizler açısından istenilen verilere sahip olan EM4 kodlu izolatın, bir sonraki aşamada; MCO enzim optimizasyonu yapıldı. Son aşamada; kadaverin, histamin, putresin ve tiramin aminlerinin olduğu ortama eklenen EM4 kodlu izolatın, bu ortamda aminleri parçalama yeteneği, LC-MS analizi ile kantitatif olarak belirlendi ve elde edilen grafikler yorumlanarak; en yüksek parçalanma yüzdesinin %83 oranında histamine, en düşük parçalanma yüzdesinin ise %26 oranında tiramine ait olduğu sonucuna varıldı. Son olarak; moleküler seviyede tanılanan EM4 kodlu izolatın, %99 oranında Levilactobacillus brevis'e benzerlik gösterdiği tespit edildi. Sonuçlar: Elde edilen verilerden yola çıkılarak; tüm parametreler açısından pozitif sonuç elde edilen EM4 kodlu Levilactobacillus brevis'in BA'ları parçalama noktasında oldukça önemli bir izolat olduğu görüldü. Bu izolatın hem gen, hem biyokimyasal seviyede hem de LC-MS analizlerine göre kantitatif olarak belirlenen yüzde hesaplarına bakıldığında, özellikle gıdalarda oluşan ve insan sağlığını tehdit eden BA gruplarını degrede ediyor olması, bu izolatı hem teknolojik olarak hem de gıda güvenliği açısından oldukça önemli bir noktaya taşımıştır. İzolatın; GRAS (Generally Recognized as Safe) mikroorganizma olarak kullanılabilmesi teknolojik özellikler açısından gıdalara eklenebilmesine BA'ları degrede etmesinden dolayı gıdaları iyileştirebilme potansiyeline sahip olabilmesinin kanıtlanması için, uygulama noktasında daha ileri boyutlu çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.