İnsan BAX geni 5′ kodlamayan dizide transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin delesyonunun gen ekspresyonu üzerine etkilerinin araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ATENA GHOSI GHAREHAGHAJI

Danışman: Orhan Erdoğan

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, proapoptotik bir gen olan insan BAX geni 2000 bç'lik 5′ kodlamayan dizisi Ensembl veri tabanı kullanılarak belirlendi. Bu bölge işlevsel özelliklerine göre PCR yöntemiyle 1400 bç, 930 bç ve 390 bç'lik parçalara ayrıldı. Çoğaltılan parçalar pGEM-T Easy vektörüne aktarılarak Escherichia coli JM109 bakterisine transfer edildi. Daha sonra elde edilen bölgeler Lusiferaz vektörüne (pGL-3 basic vektör) aktarıldı. Saflaştırılan plazmitler MCF-7 hücrelerine transfekte edildi. Oluşturulan konstraktların lusiferaz aktivitesi, kontrol vektörüne göre ölçümü yapıldığında 930 bç'lik parçanın en yüksek aktivite gösterdiği tespit edildi. Genomatix veritabanı kullanılarak 930 bç'lik parça, SWI / SNF transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinin yerleşimine göre 797 bç, 673 bç, 230 bç ve 185 bç'lik parçalara ayrıldı. Çoğaltılan parçaların lusiferaz aktivitesi kontrol vektörü ile kıyaslandığında en yüksek aktivitenin 673 bç'lik bölgede bulunan SWI-SNF3 ve SWI-SNF4 olarak adlandırdığımız transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde olduğu tespit edildi. Böylece daha sonraki çalışmalarda tespit edilen transkripsiyon faktör bağlanma bölgeleri üzerinde site spesifik mutagenezler yapılarak 5′ kodlamayan dizisi üzerindeki farklı transkripsiyon faktörleri ile etkileşimlerinin belirlenmesi mümkün olacaktır.