Kestanelerde Kuraklık İlişkili SSR ve EST-SSR Belirteçlerle Toleranslılık Değerlendirme ve iPBS Belirteçlerle Genetik Varyasyon Analizi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Didem KARA
Danışman: Emine Orhan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmada, kuraklık ilişkili genomik SSR belirteçler ile genik EST-SSR belirteçler kullanılarak ülkemiz için önemli bazı kestane çeşitleri arasındaki kuraklığa toleranslılık/duyarlılık değerlendirmesinin yapılması ve genetik ilişki analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. İlave olarak, ülkemizde yetiştirilen kestane çeşitleri için ilk olmak üzere, retrotranspozon esaslı iPBS belirteçler kullanılarak alternatif bir moleküler analiz değerlendirmesinin yapılması dahil edilmiştir. Yöntem: Çalışmada, Türkiye'de en fazla tanınan ticari kestane çeşitleri arasında yer alan Hacıömer, Osmanoğlu, Sarıaşlama, Erfelek, Kemer, Işıklar, Şekerci, Siyah Bursa, Bouche De Betizac, Marigoule ve Tülü çeşitleri kullanılmıştır. Çalışmada; kuraklık ilişkili geliştirilmiş olan 5 adet SSR ve 8 adet EST-SSR belirteçlerine ilave olarak genetik ilişki tespiti için 19 adet iPBS belirteç kullanılmıştır. Bulgular: Kuraklık ilişkili belirteçler ile elde edilen kapiller elektroforez görüntüleri yardımıyla kestane çeşitleri arasında bir toleranslılık/duyarlılık değerlendirmesi yapılmıştır. Kuraklığa duyarlı olarak bilinen Marigoule çeşidi üzerinden diğer kestane çeşitlerinin kuraklığa toleranslılık durumları değerlendirilmiştir. SSR, EST-SSR ve iPBS belirteçler ile yapılan PCR işlemlerinden elde edilen bant profilleri değerlendirilmiştir ve bu primerlere ait allel boyutu, toplam bant sayısı, polimorfik bant sayısı, polimorfizm oranı, gözlenen heterozigotluk, polimorfizm bilgi içeriği, markır indeksi ve ayırt etme gücü gibi değerler belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan tüm mikrosatellit ve retrotranspozon belirteçler, kestane çeşitleri arasında %100 polimorfiklik göstermiştir. SSR, EST-SSR belirteçler ile elde edilen toplam bant sayısı sırasıyla 507 (ort. 101,4) ve 728 (ort. 91,0) olarak kaydedilmiştir. SSR primerler için gözlenen heterozigotluk (Havp), 0,351 (CsCAT6)-0,464 (CsCAT1) arasında belirlenirken (ort. 0,395), EST-SSR primerler için heterozigotluk (Havp) 0,240 (FIR08)-0,377 (FIR059) olarak kaydedilmiştir (ort. 0,309). Ayrıca, iPBS belirteçler ile elde edilen toplam bant sayısı 2887 (ort. 151,95) olarak kaydedilmiş olup heterozigotluk (Havp) değerleri 0,184 (iPBS 2295)-0,275 (iPBS 2256) arasında tespit edilmiştir (ort. 0,204). Hem SSR hem de EST-SSR belirteçlerle elde edilen UPGMA dendogramlarda Erfelek ve Hacıömer kestane çeşitleri birbirine en benzer çeşitler olarak belirlenmiştir. iPBS belirteçlerle elde edilen UPGMA dendogramda ise Hacıömer ve Şekerci kestane çeşitleri 0,924 benzerlik katsayısı değeri ile birbirine en benzer çeşitler olarak belirlenmiş olup bu iki çeşitle yakın benzerlik ilişkisi gösteren Osmanoğlu ve Erfelek kestane çeşitleri ile birlikte bir alt grup oluşturmuştur. Sonuç: Çalışma sonucunda, genetik akrabalık ilişkisinin belirlenmesi amacıyla kestane ıslahında yardımcı olacak yüksek doğrulukla moleküler analizler gerçekleştirilmiştir ve kullanılan mikrosatellit ve retrotranspozon esaslı belirteçlerin markır destekli seleksiyon çalışmaları için yararlı olacağı bilgisi ortaya çıkmıştır.