Erzurum ili patates tarlalarından izole edilen bitki patojeni Streptomyces türlerinin tanısı ve karakterizosyonu
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: KENAN KARAGÖZ
Danışman: Recep Kotan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada; Erzurum ili patates üretim alanlarında adi uyuz hastalığına neden olan Streptomyces türlerinin tanısı ve karakterizasyonu hedeflenmiştir. Uyuz belirtileri taşıyan patates yumrularından izolasyonlar yapılmış ve Actinomycetes benzeri koloni yapısı sergileyen strainler kültüre alınmıştır. Bu strainler arasından patojenite testleri pozitif olarak değerlendirilenler klasik (spor zinciri şekli ve rengi, toksik maddelere duyarlılık, melanin ve çözünebilir pigment üretimi) ve moleküler metotlarla (Polimeraz Zincir Reaksiyonu=PCR) tanılanmıştır. Mikrobiyal tanı sistemi (MIS) kullanılarak izolatların yağ asidi metil ester profilleri belirlenmiş ve patojenite bölgelerindeki hedef genlerin (TxtAB, Nec1, TomA) varlığı araştırılmıştır. Araştırma sonucunda; toplam 114 fitopatojen Streptomyces straini elde edilmiştir. Bunlardan 47?si Streptomyces scabiei, 15?i Streptomyces bottropensis, 8?i Streptomyces stelliscabiei, 5?i Streptomyces setonii, 4?ü Streptomyces eupopascabiei, 4?ü Streptomyces violaceus, 3?ü Streptomyces puniciscabiei, 2?si Streptomyces luridiscabiei ve 2?si de Streptomyces intermedius olarak tanılanmıştır. Geri kalan 24 strainin ise tür seviyesinde tanısı yapılamamıştır. MIS ve PCR metotları ile tüm strainler cins düzeyinde Streptomyces olarak tanılanmıştır. Ayrıca S. scabiei, S. bottropensis, S. stelliscabiei ve S. europaeiscabiei strainlerinin tür düzeyinde tanıları PCR ile de desteklenmiştir. S. stelliscabiei, S. bottropensis, S. europaeiscabiei, S. violaceus, S. setonii, S. puniciscabiei, S. luridiscabiei ve S. intermedius türlerinin Türkiye için; tanılanan tüm türlerin ise Doğu Anadolu Bölgesi için patates bitkisinde yeni kayıt olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, yapılan analizler strainlerin patojenite bölgelerinde TxtAB operonu, Nec1 ve TomA genlerini sırasıyla %90, %94 ve %95 oranında ihtiva ettiğini göstermiştir. Ancak, bu genlerden bir veya birkaçı açısından noksanlık gösterebilen strainlerin de var olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Erzurum, Patates uyuzu, Streptomyces, MIS, PCR