Kuraklık Stresi Koşullarında Nar Bitkisinin (Punica granatum L.) Transkriptom Profilinin Çıkarılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Atatürk Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Ayşenur Yıldırım
Danışman: Emine Orhan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmada, Wonderful ve Hicaznar isimli nar çeşitleri (Punica granatum L.) için kuraklık ilişkili genler bakımından bir transkriptom profilinin çıkarılması amaçlanmıştır. Yöntem: Wonderful ve Hicaznar çeşitlerinde iki farklı su kısıtı uygulaması (kuraklık stresi) 10 gün ve 20 gün olmak üzere iki farklı süre boyunca uygulanmıştır. Deneme kapsamında üç farklı uygulama grubu oluşturulmuştur: i) Kontrol (iyi sulama koşulları), ii) T1 (1. Uygulama): %65–75 bağıl toprak su içeriği ve iii) T2 (2. Uygulama): %5–15 bağıl toprak su içeriği. Transkriptomik düzeyde profilleme amacıyla RNA dizileme (RNA-seq) yöntemi esas alınmıştır. RNA-seq verilerinin analizleri CLC Toolbox kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Diferansiyel gen ekspresyon analizleri sonucunda elde edilen genler, ifade düzeylerindeki değişimin yönü ve büyüklüğüne göre sınıflandırılmıştır. Filtrelenmiş diferansiyel gen ekspresyon verileri kullanılarak genler arasındaki benzerlik ve farklılıkların görselleştirilmesi amacıyla ısı haritaları oluşturulmuştur. Bulgular: Wonderful ve Hicaznar çeşitlerinde T1 ve T2 uygulamaları için 36,4 kDa prolin açısından zengin protein benzeri (LOC116188420), holotricin-3 benzeri (LOC116214822), muhtemel hücre duvarı proteini (LOC116205182), muhtemel mannitol dehidrogenaz (LOC116210572) ve yaşlanmaya özgü sistein proteaz SAG12 benzeri (LOC116206805) genlerinin ortak olarak ifade edildikleri belirlenmiştir. Wonderful çeşidinde DREB1A (LOC116202526 ve LOC116211172), ERF017 (LOC116194146) ve NAC (LOC116198601) transkripsiyon faktör genlerinde T1 uygulaması için önemli düzeyde ifade artışları belirlenirken WRKY (LOC116193053) transkripsiyon faktöründe ifade azalışı belirlenmiştir. Hicaznar çeşidinde daha çok yapısal ve çeşitli metabolik olayları etkileyen genlerin ifadesinde değişiklikler belirlenmiştir. Sonuçlar: Çalışmada ısı haritası değerlendirmeleri sonucunda orta şiddetli (T1) kuraklık uygulaması ile şiddetli (T2) kuraklık uygulaması sonucunda ekspresyonu artan ve azalan genlerin Wonderful ve Hicaznar çeşitleri için farklı oldukları belirlenmiştir.